O pacato e humilde príncipe do final de “Prince of Persia: The Sands of Time” não existe mais. Depois de liberar as Areias do Tempo de sua ampulheta mágica ele deveria ter morrido, mas escapou de seu Destino. Agora, essa mesma força invoca um Dahaka – um ceifador implacável, conhecido por jamais ter deixado suas presas escaparem com vida – para caçar e corrigir essa anomalia histórica.
Com esse grande peso nas costas, o herói mudou consideravelmente. Forçado a passar horas acordado, fugindo pelos quatro cantos do mundo e treinando as mais diferentes formas de combate armado, ele não apenas perdeu seu prazer pela vida, mas é considerado maluco por todos (e a falta de sono definitivamente não ajudou em nada). Mas ele tem uma esperança: voltar até os primórdios do tempo e tentar acabar com a maldição em sua origem.
Todo esse tempo gasto treinando serve para corrigir uma das principais críticas do jogo anterior: seu sistema de combate. As lutas agora são uma parte muito maior da experiência e, felizmente, estão muito mais integradas nas fases.